Skupina techník pre identifikáciu proteín-väzbové miesta na DNA. Footprinting dimethylsulfate (DMS), napríklad koniec-označené fragment DNA je čiastočne denaturovaný v guanidínovou zvyškov DMS, potom vystavené DNA-viažuci proteín. Materiál je electrophoresed na non-denaturácia polyakrylamidovom Geli oddeliť fragmenty, ktoré sú denaturovaný v sekvencii nízkym viazaním bielkovín (a už bude viazať) od tých, ktoré sú len inde denaturovaný a bude menej pohyblivé kvôli viazaný bielkovín. Dve gél kapely sú potom eluuje a rozštípl s piperidínu metylovaných stránky. Porovnanie štiepenie rebríky z dvoch prípravkov ukáže unikátny kapely Metylácia a štiepenie na rezíduá v nezáväzných materiálov, ktoré boli nevyhnutné pre viazanie. v ochrane footprinting DNA fragment s a bez viažuci proteín je podrobený štiepenie oblastí nezáväzné, napr čiastočnej Metylácia a štiepenie piperidínu. Materiál je rozdelený na postupnosti gél a rebrík proteín-zviazal prípravku ukáže medzeru (stopa) v jej postupnosti je zaviazaná bielkovín, v porovnaní s rebrík z "nahé" DNA. Ochrana footprinting môžu byť použité v bunkách neporušené a v porovnaní s nahý DNA v vitro ako ovládací prvok. v tom case, ligand-sprostredkoval PCR sa používa na označenie a zosilniť požadovanej oblasti DNA. Iné metódy štiepenie sú podľa DNase som aj hydroxylové radikály (OH ).