Situáciu, keď nepretržité biotopov stať rozdelené na samostatné, často izolované malé výseky roztrúsené s iné biotopy. Malé fragmenty biotopov podporuje len malú početnosť fauny a tieto sú zraniteľnejší voči vyhynutie. Náplasti ani nemusia byť obytné podľa druhov okupuje pôvodného neporušenej biotopu. Tiež často fragmentácia upchávajú druhov z imigrujúcich medzi obyvateľstvom.

Fragmentácie prirodzeného prostredia pramení z geologického procesy, ktoré pomaly meniť rozloženie fyzickom životnom prostredí alebo ľudskej činnosti ako land clearing, b˝vania, miestneho rozvoja a výstavby cesty alebo inej infraštruktúry. Nepriaznivých účinkov niekedy nie sú okamžite viditeľné a zdanlivo sa zachovajú dostatočné biotopy. , Avšak príbuzenského kríženia, nedostatok území a nedostatok potravín sú niektoré problémy môžu stretnúť s malými populáciami. Preto sa očakáva fragmentácia biotopov viesť k stratám rôznorodosti druhov v dlhodobom horizonte.