Kontraindikácia je stav, alebo faktor, ktorý hovorí proti nejakému opatreniu. Vo väčšine prípadov sa tento pojem používa v medicíne na popis faktorov, ktoré zvyšujú riziká, spojené s použitím konkrétneho lieku, vykonaniu procedúry, alebo istej činnosti.

Niektoré kontraindikácie sú absolútne, to znamená že nie sú žiadne rozumné dôvody pre vykonanie danej činnosti. Napríklad, dieťaťu s horúčkou by sa nikdy nemal dávať aspirín kvôli riziku Reyovho syndrómu a osoba s anafylaktickou alergiou na potraviny by nikdy nemala jesť potraviny, na ktoré je alergická. Podobne, osobe s hemochromatózou by nemali byť podávané železité prípravky.

Ostatné kontraindikácie sú relatívne, to znamená že pacient má vyššie riziko komplikácií, ale tieto riziká môžu byť prevážené inými úvahami, alebo zmiernené inými opatreniami. Napríklad, tehotná žena by sa za normálnych okolností mala rentgenovaniu vyhýbať, ale riziko môže byť podstatne menšie, než neschopnosť diagnostikovať, alebo liečiť vážny stav, ako je napríklad tuberkulóza, alebo zlomená kosť. Relatívne kontraindikácie sa môžu označovať aj ako upozornenia, ako napríklad v British National Formulary.