Typ DNA marker, generované trávenie genomické DNA s dvoma reštrikčných enzýmov vytvoriť mnoho DNA fragmentov, podviazanie špecifických sekvencií DNA (nazývané adaptéry) až po konce týchto úlomkov, zosilnenie fragmentov cez PCR (pomocou sada primerov so zodpovedajúcimi adaptérmi, plus rôzne náhodné kombinácie troch dodatočných základní na konci sekvencie), a vizualizácia fragmentov cez gélovou elektroforézou. The PCR bude zosilňovať akékoľvek fragment, ktorého sekvencia sa stane začať s niektorou z tri-base sekvencií v sete primerov. AFLPs majú dôležitú výhodu, že mnoho markery môžu byť generované s pomerne malým úsilím. Sú veľmi užitočný prostriedok kvantifikácia miery genetickej diverzity v rámci a medzi populáciami. Ich hlavnou nevýhodou je, že nie sú špecifické pre konkrétny locus, a pretože sú skóroval ako prítomnosť alebo neprítomnosť kapela, heterozygotes nie je možné odlíšiť od homozygotes, t. j., sú zdedené dominantným spôsobom.