Ochorenie, v ktorom imunitný systém, prirodzene určené k ochrane tela od cudzích útočníkov, ako sú vírusy a baktérie, namiesto obráti proti a spôsobuje poškodenie zdravých tkanív tela. Imunitný systém je zložitá usporiadanie v tele, ktoré je určené spravidla pre "Hľadať a ničiť" útočníci tela, vrátane infekčných agens. Pacienti s autoimunitné ochorenia majú často nezvyčajné protilátky cirkulujúcej v krvi, ktoré sa zameriavajú svoje vlastné telesné tkanivá.

Príklady autoimunitné ochorenia patrí systémový lupus erythematosus, Sjögrenov syndróm, Hashimoto tyroiditida, reumatoidná artritída, (typ 1) juvenilný diabetes, polymyozitida, sklerodermie, Addison choroba, vitiligo, pernicióznej anémia, glomerulonefritídy a pľúcna fibróza.

Autoimunitné choroby sú častejšie u žien ako u mužov. To je pocit, že estrogén žien môže ovplyvniť imunitný systém predurčujú niektoré ženy s autoimunitné ochorenia. Okrem toho prítomnosť jednej autoimunitné ochorenia zvyšuje šancu pre rozvoj ďalšie súbežné autoimunitné ochorenia.