Metóda určovania nízkym viazaním bielkovín regióne dvojitý-plietol DNA fragment. , Jedna 5 "-konci DNA fragment je označené ³² P a DNA-fragment-proteínový komplex je liečený 3"-exonuclease stráviť z 3 "-konci kým sa stretáva v regióne chránené DNA-viažuci proteín. Označené prameň následne charakterizuje jeho veľkosť označovať vzdialenosť miesta viažuci proteín od 5 "-konca fragment. Technika je vhodná pre lokalizáciu väzobné miesto na konkrétny región veľké DNA fragment, keďže footprinting dáva presný sled väzobné miesto menšie fragment.