Technika pre zisťovanie a zosilnenie cieľovej DNA sekvencie. Dva oligodeoxynucleotides sú syntetizované ktoré medzi nimi sú komplementárne k celej cieľovej sekvencie, jeden na 5 "-strane a jeden na 3"-strane. Ak cieľovej sekvencie je prítomný vo vzorke DNA skúmané, oligonucleotides bude viazať to pri miernej teplote s ich konce Stykový v centre a tepelne stabilné ligase sa k nim pripojí do úplného polynukleotidy. Žiadne podviazať nastane ak cieľovej sekvencie je neprítomný alebo zápas medzi syntetické oligonucleotides a cieľovej sekvencie je nedokonalé v kraji kde hraničiť.

Pri zvýšenej teplote nové polynukleotidy dištancuje od pôvodnej šablóny DNA a po ochladení na miernej teplote a pôvodného DNA slúžia ako šablóny pre druhý cyklus hybridizácia, podviazanie a tepelné disociácia. v každom cykle je zdvojnásobenie počtu nových kompletný polynucleotides, takže po 20 cyklov tam môže byť 10 ⁶-zložiť zosilnenie. Na pol-sekvencie môže byť postavená s markerov na non-ligating konce pomáhať izolácia (napr biotín) alebo detekcie (napríklad fluorophore).