Proteolytických enzýmov našiel žalúdočnej šťavy z cicavcov, vtákov, plazy a ryby. Je tvorený z predchodcu, pepsinogen, ktorý sa nachádza v sliznici žalúdka. Pepsinogen je prevedený na pepsínu, kyseliny chlorovodíkovej, prirodzene prítomné v žalúdku, alebo pepsínu, sám. Inhibítor pepsínu, peptid, zostáva pripojené k pepsínu molekula pri hodnotách pH nad 5.0, zabraňujúcej aktivácii enzýmov. Približná molekulová hmotnosť pepsínu je 34,500 a to pepsinogen 42,600. Maximálna aktivita sa vyskytuje pri pH 1.8 a široké špecifickosť peptid dlhopisov bola dokázaná.