Oblasť štúdia zameraná na vývoj klasifikačný systém alebo taxonómie pre rastliny založené na ich evolučné vzťahy (phylogeny). Predpokladom je, ak klasifikácia odráža phylogeny, odkaz na klasifikáciu vám pomôže výskumníci zameriavajú svoju prácu presnejšie spôsobom. Táto zásada je ilustrované na príklade matky a dcéry s veľkú známe o genetických línií matky. Genetických línií vystavené dcéra možno do značnej miery predvídať v tomto prípade keďže pre dve osoby neznáme vzťahy žiadne dohade je možné pokiaľ ide o ich genetickej podobnosť. Úlohou je urobiť phylogeny obnovu najpresnejšie. , Ako tento phylogenetic systém klasifikácie je byť vybudované bol podrobený rozdielne názory časom. Základné jednotky klasifikácie je všeobecne akceptované druhy, ale ako by mali byť uznané druhu bola intenzívne prerokovaná. a historickej perspektíve je užitočné pri vysvetľovaní charakter tejto kontroverze.